2000年(nian)，杭(hang)(hang)(hang)州(zhou)(zhou)(zhou)市(shi)(shi)(shi)(shi)(shi)(shi)九(jiu)屆人大五次會(hui)(hui)議作出了《關于加快(kuai)運(yun)河(he)(he)綜(zong)合(he)整(zheng)治(zhi)的決(jue)(jue)議》，決(jue)(jue)定對運(yun)河(he)(he)(杭(hang)(hang)(hang)州(zhou)(zhou)(zhou)段(duan)(duan))進(jin)行綜(zong)合(he)整(zheng)治(zhi)。2002年(nian)，杭(hang)(hang)(hang)州(zhou)(zhou)(zhou)市(shi)(shi)(shi)(shi)(shi)(shi)第九(jiu)次黨代會(hui)(hui)把(ba)運(yun)河(he)(he)(杭(hang)(hang)(hang)州(zhou)(zhou)(zhou)段(duan)(duan))綜(zong)合(he)整(zheng)治(zhi)與(yu)保(bao)(bao)(bao)護開(kai)(kai)發列(lie)為(wei)(wei)城(cheng)市(shi)(shi)(shi)(shi)(shi)(shi)建設“十大工(gong)程(cheng)”之一(yi)(yi)。為(wei)(wei)加快(kuai)京杭(hang)(hang)(hang)運(yun)河(he)(he)（杭(hang)(hang)(hang)州(zhou)(zhou)(zhou)段(duan)(duan)）的綜(zong)合(he)整(zheng)治(zhi)與(yu)保(bao)(bao)(bao)護開(kai)(kai)發，2003年(nian)4月(yue)成立杭(hang)(hang)(hang)州(zhou)(zhou)(zhou)市(shi)(shi)(shi)(shi)(shi)(shi)京杭(hang)(hang)(hang)運(yun)河(he)(he)（杭(hang)(hang)(hang)州(zhou)(zhou)(zhou)段(duan)(duan)）綜(zong)合(he)整(zheng)治(zhi)和保(bao)(bao)(bao)護開(kai)(kai)發指(zhi)揮部、杭(hang)(hang)(hang)州(zhou)(zhou)(zhou)市(shi)(shi)(shi)(shi)(shi)(shi)運(yun)河(he)(he)綜(zong)合(he)保(bao)(bao)(bao)護開(kai)(kai)發建設集(ji)團有限責任公司，實(shi)行“兩塊牌子(zi)、一(yi)(yi)套班子(zi)”。2007年(nian)，杭(hang)(hang)(hang)州(zhou)(zhou)(zhou)市(shi)(shi)(shi)(shi)(shi)(shi)京杭(hang)(hang)(hang)運(yun)河(he)(he)（杭(hang)(hang)(hang)州(zhou)(zhou)(zhou)段(duan)(duan)）綜(zong)合(he)整(zheng)治(zhi)和保(bao)(bao)(bao)護開(kai)(kai)發指(zhi)揮部更名為(wei)(wei)杭(hang)(hang)(hang)州(zhou)(zhou)(zhou)市(shi)(shi)(shi)(shi)(shi)(shi)京杭(hang)(hang)(hang)運(yun)河(he)(he)（杭(hang)(hang)(hang)州(zhou)(zhou)(zhou)段(duan)(duan)）綜(zong)合(he)保(bao)(bao)(bao)護委(wei)員會(hui)(hui)。2014年(nian)，根據市(shi)(shi)(shi)(shi)(shi)(shi)委(wei)市(shi)(shi)(shi)(shi)(shi)(shi)政府統一(yi)(yi)部署，運(yun)河(he)(he)綜(zong)保(bao)(bao)(bao)委(wei)（運(yun)河(he)(he)集(ji)團）啟(qi)動了機構和體制調(diao)整(zheng)，以“事企(qi)分離，管辦分開(kai)(kai)”為(wei)(wei)原(yuan)則，調(diao)整(zheng)后，市(shi)(shi)(shi)(shi)(shi)(shi)運(yun)河(he)(he)集(ji)團為(wei)(wei)市(shi)(shi)(shi)(shi)(shi)(shi)政府直屬(shu)國有企(qi)業，納入(ru)國資(zi)委(wei)監管體系。
杭(hang)州市運(yun)河綜(zong)合保(bao)護開(kai)發建設集(ji)團有限責任公司為(wei)承擔(dan)政(zheng)府(fu)重大專項任務(wu)的建設類公司，以實現社(she)會效益為(wei)主要目標，同(tong)時，以市場為(wei)導向，逐步(bu)開(kai)展資本運(yun)作和(he)資產(chan)經(jing)(jing)營活動，增(zeng)(zeng)強企業造血(xue)、盈利能力(li)，兼(jian)顧經(jing)(jing)濟效益，實現國(guo)有資產(chan)保(bao)值增(zeng)(zeng)值。
公司具體(ti)負(fu)責京杭(hang)運(yun)(yun)河杭(hang)州主城區(qu)段(duan)沿岸(an)的土地開發利用、公共(gong)配套設(she)施(shi)建(jian)設(she)、項目建(jian)設(she)和(he)(he)運(yun)(yun)營(ying)管理，承擔京杭(hang)運(yun)(yun)河杭(hang)州主城區(qu)段(duan)綜合整治(zhi)與(yu)保護(hu)開發中(zhong)相應的資(zi)金保障，建(jian)設(she)重點是城中(zhong)村(cun)改造、污(wu)染企業搬遷(qian)和(he)(he)運(yun)(yun)河水環境治(zhi)理。同時，開展資(zi)本運(yun)(yun)作和(he)(he)資(zi)產經營(ying)活動(dong)，重點發展以旅(lv)游休閑、文化創意產業為(wei)主的現(xian)代服務(wu)業，逐步實現(xian)從單一(yi)建(jian)設(she)類主體(ti)向(xiang)復合建(jian)設(she)經營(ying)類主體(ti)轉變。
公司將以(yi)中央(yang)和(he)省(sheng)、市國有企業(ye)改革精(jing)神為(wei)指導，以(yi)企業(ye)可(ke)持(chi)續發展(zhan)為(wei)目標，以(yi)京杭運(yun)河(he)綜(zong)保(bao)規(gui)劃(hua)范圍為(wei)主戰場，實施“專項任務(wu)”與“投(tou)資(zi)經營”兩輪(lun)驅動戰略，堅持(chi)土地開發、旅游發展(zhan)、產業(ye)投(tou)資(zi)等三項主營業(ye)務(wu)，努力(li)在京杭運(yun)河(he)綜(zong)保(bao)和(he)企業(ye)經營上再創業(ye)績與效益(yi)，力(li)爭把(ba)集團打(da)造成(cheng)以(yi)旅游休閑、文化創意等現代服務(wu)業(ye)為(wei)主，集建設、投(tou)資(zi)、置(zhi)業(ye)、經營、管理為(wei)一(yi)體的具有一(yi)定品牌和(he)實力(li)的綜(zong)合(he)性實業(ye)公司。